Znajdziemy tutaj parki narodowe: Bieszczadzki i Magurski po stronie polskiej oraz słowacki Park Narodowy Poloniny. Dodatkowo tereny te zostały docenione w ramach międzynarodowego programu „Człowiek i Biosfera” poprzez utworzenie Rezerwatu Biosfery „Karpaty Wschodnie”. Na jego obszarze po stronie polskiej położone są: Bieszczadzki Park Narodowy, Ciśniańsko-Wetliński Park Krajobrazowy, Park Krajobrazowy Doliny Sanu, po słowackiej Park Narodowy Połoniny, Chroniony Krajobrazowy Obszar Wschodnie Karpaty.

Bieszczadzki Park Narodowy o powierzchni około 29 tys. ha powstał w 1973 roku. Celem jego istnienia jest ochrona najwyższej części polskich Karpat Wschodnich. Niezwykle istotna jest ochrona krajobrazu połonin rozciągających się powyżej górnej granicy lasu, rzadkiej flory, lasów o charakterze naturalnym oraz zwierząt związanych z lasami puszczańskimi. Zróżnicowanie terenu pod względem wysokościowym odzwierciadla się w bogactwie roślin zarówno wysokogórskich jak i reglowych.

Magurski Park Narodowy leży w Beskidzie Niskim, a jego powierzchnia wynosi niecałe 19,5 tys. ha. Wysoka lesistość, zwarty kompleks leśny o charakterze zbliżonym do naturalnego oraz obecność rzadkich zwierząt sprawiają, że obszar ten jest niezwykle cenny przyrodniczo. Tereny nieleśne stanowią zaledwie 5% Magurskiego PN, lecz dzięki swojemu bogactwu gatunkowemu stanowią perły magurskiej przyrody.

Park Narodowy Połoniny położony jest na Słowacji przy granicy polsko-słowackoukraińskiej i zajmuje obszar ok. 30 tys. ha. Powstał w 1997 roku, a w 2007 został wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Przyrodniczego UNESCO. Cenne lasy bukowe są miejscem bytowania dużych drapieżników. Dzięki sąsiedztwu dwóch parków narodowych – ukraińskiego Użańskiego PN i polskiego Bieszczadzkiego PN, powstał duży kompleks leśny o unikatowej wartości dla środkowoeuropejskiej flory i fauny.